华信航空公司成立于1991年6月1日，由中华航空与和信集团共同出资组成，『华信』的命名来源是两公司的名字。华信航空公司的成立，与台湾在国际社会的地位有关。主要目的是开辟中华航空公司由于政治因素而无法执行的航线。自1970年代起随着中华人民共和国作为代表中国的单独合法政府被世界各国所承认，中华人民共和国希望其它及地区拒绝印有中华民国的班机飞抵。1990年中华航空公司拓展加拿大航线受阻，原因是其飞机涂装仍包含中华民国，为求保有航权而成立华信航空公司。华信航空成立后经营多条国际航线：包括台北往来加拿大温哥华﹑澳大利亚悉尼及布里斯班的航线。1992年和信集团撤资，华信航空遂成为中华航空的全资子公司。1995年中华航空更改标志，某些远程国际航线又转交由中华航空公司运营。1999年中华航空对华信航空重组，与国华航空公司合并。华信航空自此转型成为经营东亚、东南亚地区国际航线及台湾本岛、离岛航线为主的航空公司。华信航空公司自1990年代拓展至东南亚、关岛等地区的航线。2002年，华信航空在港台航权谈判中，取得台湾方面经营高雄往来香港的航班，成为继中华航空后，第二家经营台湾至香港黄金航线的台湾航空公司。2003年华信航空公司参与执行台湾海峡两岸直航春节包机任务，开始海峡两岸直航台商包机业务，为两岸直航做出贡献。